#bash
rm -rf ref1* ref2* ref?
 for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 
do 
mkdir ref$i
cd ref$i
cp ../com/* .
cp ../*.tbl .
cp ../cnsPDB/sa_cns_$i.pdb sa_cns_1.pdb
qsub cns.sc
cd ..

done